All'inizio, gli Hooverphonic si chiamavano solo "Hoover", ma il nome dovette essere presto modificato perché esistevano già altre band che si chiamavano così. I primi lavori di questo gruppo belga risentivano inevitabilmente delle influenze dei loro eroi musicali: compositori di colonne sonore, come Angelo Badalamenti, e gruppi di pop d'ambiente come i Portishead e i Massive Attack.
"Inhaler", una delle loro prime canzoni, e successivi demo suscitano l'interesse della Sony Music. Nel 1997 esce "A New Stereophonic Sound Spectacular", con la voce di Liesje Sadonius.
Il singolo "2 Wicky" diviene un successo radiofonico in molti paesi. Bernardo Bertolucci decide di usare il pezzo nel film "Io ballo da sola", con Liv Tyler. Nello stesso periodo la cantante Liesje lascia il gruppo. Gli Hooverphonic eseguono una tournée di sette settimane in Nord America, come band di supporto di Fiona Apple, ricevendo complimenti e ottenendo un buon successo.
Per produrre il loro secondo album "Blue Wonder Powder Milk", uscito nel 1998, gli Hooverphonic ingaggiano Mark Plati, che aveva in precedenza lavorato su alcuni album di David Bowie e The Cure. "BWPM" viene registrato in Belgio e a New York. Fra la registrazione e l'uscita sul mercato, la band effettua una Tournée in Europa, come supporto dei Massive Attack. Vincono il premio come "Miglior Video" per il brano "Eden" all'Utah No Dance Film & Multimedia Festival. Il gruppo parte poi per la prima tournée americana come titolari, sollevando ondate di entusiasmo in ogni città che toccano. In Europa suonano come titolari nella maggior parte dei paesi e si esibiscono anche in molti importanti festival estivi, come Roskilde, Palco e Werchter. Poco dopo, il membro fondatore, Frank Duchene, decide di lasciare il gruppo.
La nuova line-up diventa: Alex Cailier programmatore, basso e principale compositore della band., Geike Arnaert alle voci e Raymond Geerts, membro fondatore della band, alla chitarra.
Nel 2000 esce il terzo album, "The Magnificent Tree", dove vengono utilizzati un gran numero di strumenti: viole, violoncelli, trombe, effetti sonori, un coro di bambini… Nella loro relativamente breve carriera gli Hooverphonic hanno già all'attivo un notevole elenco di riconoscimenti televisivi e cinematografici ("Io ballo da sola", "I know what you did last summer", "La femme Nikita", "Baywatch"): come i film, quasi tutte le loro canzoni sono infatti ricche di immagini e atmosfere.
Dopo un estenuante tour che li ha tenuti impegnati da gennaio a novembre del 2001, e dopo aver partecipato al Festivalbar 2001, gli Hooverphonic si sono chiusi in studio per prepara il loro quarto album. Da febbraio 2002 uno dei singoli dell'album, "Jackie Cane", è la colonna sonora degli spot della Ford Mondeo. A ferragosto 2002 esce il singolo "The World is Mine", che anticipa il nuovo album "Jackie Cane", disponibile da fine settembre.
Dal disco sono estratti anche i brani "Sometimes" e "One". Il 2003 vede il gruppo belga impegnato in una serie di concerti nei teatri. Da questo tour è stato ricavato il materiale per realizzare un album live, che esce a marzo del 2004 con il titolo "Sit Down And Listen To". Vi sono inclusi i più grandi successi degli Hooverphonic riarrangiati con una sezione di fiati e un quartetto di violini, volia e violoncello. Dal disco è stato tratto il singolo "The Last Thing I Need Is You", l'unico inedito.