Insieme a Nirvana, Soundgarden e Alice In Chains, sono stati i massimi rappresentanti del grunge. Sopravvissuti alla fine di quel movimento, hanno continuato a fare ottimo rock con coerenza e senza scendere a compromessi con le logiche del mercato: grandiosi e incrollabili.

La band prende forma a Seattle nel 1990, dopo che il cantante dei Mother Love Bone, Andrew Wood, muore per un'overdose di eroina e il chitarrista Stone Gossard insieme al bassista Jeff Ament reclutano il chitarrista Mike McCready. I tre, insieme al batterista dei Soundgarden Matt Cameron, registrano un demo che fanno pervenire, tramite l'ex batterista dei Red Hot Chili Peppers (e futuro Pearl Jam) Jack Irons, al 25enne cantante e surfista di San Diego Eddie Vedder.
Quest'ultimo, entusiasta del nastro ricevuto, sovraincide delle nuove parti vocali e rispedisce il tutto lungo la West Coast fino a Seattle: sarà lui stesso, poco dopo, a compiere questo stesso viaggio di sola andata. Con l'ingresso del batterista Dave Krusen la line-up è al completo: i Pearl Jam possono iniziare a chiamarsi una band a tutti gli effetti.
Ottenuto un contratto con la Epic Records il quintetto, a inizio 1991, ha già pronto il proprio album d'esordio, "Ten", che viene pubblicato nell'agosto successivo. Nel frattempo Gossard, Ament, McCready e Vedder, insieme ai membri dei Soundgarden Matt Cameron e Chris Cornell, realizzano lo splendido disco tributo ad Andrew Wood, "Temple Of Dog".
"Ten" esce in relativa sordina e inizia la sua scalata alle classifiche solo all'inizio del 1992, sulla scia dell'incredibile successo commerciale ottenuto da "Nevermind" dei Nirvana che fa esplodere in tutto il mondo il fenomeno musicale e culturale del grunge. La musica dei Pearl Jam - che mescola la potenza e le chitarre dell'hard rock anni '70 e la rabbia del punk - ha più di una differenza rispetto a quella della band di Kurt Cobain, ma l'intensità emotiva e il malessere generazionale espressi sono fatti della stessa pasta.
Canzoni come "Alive" – il primo singolo estratto – "Even Flow" e "Jeremy" diventano immediatamente hit radiofoniche e i relativi video sono tra i più trasmessi da MTV; milioni di ragazzi in tutto il mondo si fanno crescere i capelli e indossano camice di flanella e pantaloni stracciati: Vedder e soci diventano ben presto delle star planetarie.
Nel frattempo Dave Abruzzese prende il posto di Krusen alla batteria e la band partecipa con il pezzo "State Of Love And Trust" alla colonna sonora del film manifesto del grunge "Singles - L'amore È Un Gioco", nel quale fa anche una breve apparizione.
Il vortice di popolarità acquisita in così poco tempo e il nuovo status di rock'n'roll star non condiziona però il loro approccio alla musica: per l’uscita del secondo lavoro in studio, "Vs" (dato alle stampe nell'ottobre del 1993) decidono di non produrre alcun video, rifiutando così qualsiasi convenzionalità imposta dall’industria discografica. Ciononostante l'album bissa il successone del disco d'esordio debuttando alla numero 1 delle chart statunitensi e vendendo quasi un milione di copie solo nella prima settimana di pubblicazione.

Per il tour del 1994 il gruppo preferisce non esibirsi nei grandi stadi, e privilegia le piccole arene. È durante l’estate di quell'anno che i Pearl Jam si trovano coinvolti in un'accesa polemica (persa poi per vie legali) con l'agenzia di prevendita biglietti Ticketmaster: secondo la band i prezzi dei concerti dovrebbero essere abbassati, ma non possono andare al di sotto dei 20 dollari perché la Ticketmaster fa pressioni ai promoter sul ricarico del prezzo di vendita garantendosi così il monopolio del circuito live.
Mentre portano il caso di fronte al Dipartimento di Giustizia (e si allontanano sempre di più dal mondo dei media), entrano in studio per le registrazioni di un nuovo album, al termine delle quali Abruzzese viene licenziato: al suo posto viene ingaggiata una vecchia conoscenza, Jack Irons.
"Vitalogy", il terzo album del gruppo di Seattle, esce a fine anno replicando il successo planetario dei precedenti LP: intriso di dolore e amarezza, è un disco cupo e rabbioso che risente della tragica fine del leader dei Nirvana e sancisce definitivamente lo status dei Pearl Jam come band contro il sistema e le sue logiche.
La band dà quindi vita a una collaborazione con Neil Young, insieme al quale realizza l'ottimo "Mirror Ball", un disco che suona come un passaggio di consegne tra il grande folk-rocker canadese e il gruppo di Seattle.
Continuando a rimanere lontano dai riflettori (l'ultimo videoclip promozionale risale ai tempi di "Ten"), il quintetto torna sulle scene nel 1996 con "No Code": il disco, pur essendo accolto da recensioni entusiastiche ed esordendo al primo posto, lascia insoddisfatti molti fan, soprattutto a causa dell'amalgama di rock, worldbeat e sperimentalismo che lo caratterizza. Le vendite, rispetto alle precedenti pubblicazioni, calano vistosamente, mentre il gruppo, sia per le conseguenze della battaglia con la Ticketmaster che per la riluttanza a trascorrere mesi e mesi on the road, decide di non fare alcun tour.
A fine '97 i Pearl Jam completano i lavori di "Yield", che esce nel febbraio dell'anno successivo: il ritorno alle sonorità hard-rock che erano state parzialmente abbandonate con "No Code" non riescono comunque a riportare il gruppo ai fasti commerciali d'inizio anni '90. E anche da parte della critica, a differenza del passato, si sente qualche mugugno. Dal tour di supporto all'album (al quale Jack Irons non partecipa a causa di problemi di salute passando così il testimone all'ex Soundgarden Matt Cameron) nasce "Live On Two Legs", che fa capolino alla fine dello stesso anno.
Il 1999 li vede protagonisti di una hit dal sapore pop, "Last Kiss", cover dell'omonimo pezzo del 1964 di J. Frank Wilson: inizialmente pubblicata come singolo per i membri del fan-club, il successo della traccia li costringe a dare alle stampe una versione ufficiale, che diventa il loro singolo di maggior di successo di sempre.

Il nuovo millennio si apre con l'uscita di "Binaural", un disco sicuramente più compatto e riuscito del suo predecessore, che rilancia le quotazioni in leggere calo della band di Seattle. Alla pubblicazione dell'album segue un tour mondiale di dimensioni ciclopiche, ed è proprio il 30 giugno 2000 che sul gruppo si abbatte una tragedia: al festival estivo di Roskilde, in Danimarca, durante il loro set nove spettatori delle prime file muoiono sotto la pressione di quelli dietro di loro.
Vedder e soci interrompono il tour e per la prima volta nella loro carriera pensano davvero di mollare. Qualcuno li incolpa addirittura per l'accaduto, ma in seguito a un'inchiesta si scopre che le norme di sicurezza adottate dagli organizzatori del festival erano del tutto inadeguate.
In autunno, superato lo shock e chiarita completamente la propria posizione, il gruppo riparte per un lungo tour statunitense. È in questo periodo che Vedder e soci, per ovviare al problema della pirateria musicale, decidono di fare una mossa senza precedenti nella storia della musica: pubblicare un live album per ogni data del loro tour, sfornando così ben 72 box-set doppi contenenti gli interi show.
Il settimo lavoro in studio del quintetto statunitense, "Riot Act", viene dato alle stampe nel novembre 2002: un disco, come recita il titolo ('Atto di rivolta'), fortemente politico che si schiera con decisione contro l'amministrazione Bush e la sua politica guerrafondaia all'indomani dell'11 settembre e in cui i Pearl Jam ritrovano una carica e un'urgenza espressiva che non si sentiva dai tempi di "Viltalogy".
Segue, nel corso 2003, un lungo tour che non tocca l'Europa ma si concentra in Nord America e Australia. Sempre nello stesso anno la band pubblica "Lost Dogs", una doppia raccolta di pezzi inediti e b-side, e registra "Man Of The Hour", un pezzo per la colonna sonora del film "Big Fish" di Tim Burton.
Nel 2004 il quintetto partecipa al tour a sostegno del candidato democratico per le elezioni presidenziale John Kerry e fa uscire la raccolta "Rearviewmirror: Greatest Hits 1991-2003".
Il 2005, oltre a un tour canadese e uno sudamericano, segna l'atteso ritorno in studio di Vedder e compagni, che nel maggio dell'anno seguente pubblicano l'omonimo ottavo album. Per la prima parte è un secco e deciso ritorno all'hard-rock d'inizio anni '90, poi allenta la presa e inanella una serie di ballate tra le migliori di sempre: la critica esulta insieme ai fan (nostalgici e non) mentre il gruppo parte per un lungo tour mondiale, che finalmente tocca anche il Vecchio Continente.

I primi di maggio del 2006 è uscito il nuovo disco omonimo dei Pearl Jam. L'album, che riporta sulla scena gli alfieri del grunge di Seattle, che in tutta la loro carriera hanno venduto ben sessantamilioni di dischi, arriva a quattro anni di distanza dal precedente. Tra le liriche delle canzoni in scaletta, come al solito, temi scottanti: come la guerra in Iraq, a cui i Pearl Jam si sempre opposti, i conflitti di religione e il problema della disoccupazione che sta affliggendo anche gli Stati Uniti d'America, opponendosi al Sogno Americano dell'amministrazione Bush, a cui la band di Seattle si più volte dichiarata contraria.

Ha detto Eddie: "Il disco sarà un'opportunità sana di affrontare le emozioni negative derivanti da fatti come la rielezione di George Bush e i tre anni di guerra in Iraq". Dunque, animo sempre battagliero per la band di Seattle, che tra le altre cose compie a breve i quindici anni di attività.

La nuova uscita inaugura anche il rapporto con la J Records, dopo la fine del rapporto con la Epic, che aveva pubblicato tutti i precedenti album in studio dei Pearl Jam.

Dopo l'uscita del disco, la band ha dato via a un lungo tour partito il 9 maggio dall'Air Canada Centre di Toronto e che arriverà in Italia nel settembre 2006.

Il 25 settembre 2007 esce Immagine In Cornice, un DVD che documenta i cinque show tenuti in Italia dalla band durante il tour del 2006; Danny Clinch ha firmato la regia per questo documento.
La band non ha dichiarato una data per il ritorno in studio dal momento che è concentrata sul tour. Da dicembre 2006, i membri della band stanno preparando del materiale personalmente rimanendo occasionalmente in contatto via mail. McCready ha detto che lui, Stone Gossard e Matt Cameron stanno preparando delle cose in sessioni individuali. "Quando metteremo tutto insieme, decideremo di fare un nuovo album" ha dichiarato il chitarrista "Potrebbe essere fra un anno o mezzo anno".