Il gruppo si forma nell'estate del 1996 a Torino dall'incontro di Samuel (voce), Max (chitarra, già negli Africa Unite), Boosta (tastiere e deejay), Ninja (batteria) e Pierfunk (basso). Nella primavera del 1997 esce, per la Mescal, il loro primo album "Subsonica". Anche grazie ai singoli "Preso blu", "Istantanee" e "Radioestensioni" l'album diventa una delle rivelazioni discografiche dell'anno. Il gruppo intraprende una proficua collaborazione con Antonella Ruggiero (ex-vocalist dei Matia Bazar) con la quale registrano "Per un'ora d'amore" e "Il video sono io".

Nel corso del 1998 i Subsonica sono impegnati in un lungo tour di oltre 150 concerti; a fine anno si fermano per preparare il secondo album. Contemporaneamente la Mescal ripubblica "Subsonica" con allegato un mini CD live dal titolo "Coi piedi sul palco".

A settembre del 1999 esce "Microchip Emozionale", anticipato dal singolo "Colpo di pistola": l'album viene accolto molto bene sia dal pubblico che dalla critica. Un mese più tardi viene pubblicato il secondo singolo "Liberi tutti" che vede la collaborazione di Daniele Silvestri.

Il gruppo riparte per un tour fitto di impegni e di collaborazioni importanti. Nel febbraio del 2000 i Subsonica si presentano a Sanremo nella categoria campioni con il brano "Tutti i miei sbagli": si classificano 11esimi ma il brano risulta il più venduto nei giorni del Festival. Nel frattempo "Microchip Emozionale" (ripubblicato con il brano Sanremese) raggiunge il disco di platino.
Continua nel 2001 l'attività live del gruppo con oltre un centinaio di date. Arrivano anche i primi riconoscimenti: MTV Award come miglior realtà italiana, "miglior disco del 2000" e "miglior gruppo" al P.I.M.

Nel 2001 i Subsonica si dedicano alla preparazione del nuovo disco e a qualche progetto collaterale come la colonna sonora del film "Santa Maradona". Nel gennaio 2002 esce il terzo album "Amorematico", che si posizione subito in vetta alla classifiche di vendita, e da cui vengono estratti i singoli "Nuvole Rapide" e "Nuova Ossessione".

Da febbraio a maggio i Subsonica sono impegnati in un tour promozionale di oltre 40 date.

Il 5 ottobre i Subsonica ricevono (con Manuel Agnelli, Cristina Donà e Marco Parente) il Premio Grinzane Cavour per la loro costante sperimentazione in ambito musicale. A novembre pubblicano il singolo "Gente tranquilla", si aggiudicano il riconoscimento come Miglior Gruppo Italiano agli Mtv Music Awards e vengono premiati anche agli Italian Music Awards. "Amorematico" si aggiudica il disco di platino.

A febbraio del 2003 viene pubblicato "Controllo del livello di rombo", un doppio CD live in cui sono raccolti i più grandi successi del gruppo e tre inediti, tra cui "L'errore", pubblicato come singolo a maggio. Nel frattempo i Subsonica si esibiscono in un breve tour che ha registrato ovunque il tutto esaurito. Il 22 ottobre esce "Anomalia Subsonica", un libro scritto dal giornalista Paolo Ferrari sulla storia del gruppo.

A settembre 2004 la band cambia etichetta discografica: dalla Mescal passa alla Extra Labels della EMI. Alla fine di marzo 2005 esce "Abitudine", il singolo che anticipa l'uscita del nuovo album "Terrestre".

Il 2005 vede la loro partecipazione a Rockpolitik, programma di Adriano Celentano in onda sulla Rai, con il brano "Corpo a corpo".
Rispettivamente a gennaio e a giugno escono "Vita d'altri", il cui video d'animazione viene realizzato dal regista Marco Pavone e "L'odore".
Durante il biennio 2005/2006 partono due tour: Terrestre nei palazzetti e Be Human nei club, che fanno registrare più di 230.000 presenze in 50 date.

Il 23 aprile partecipano allo spettacolo Volumi all'idrogeno, svoltosi al PalaOlimpico di Torino, durante la celebrazione di Torino Capitale Mondiale del Libro.
Nel 2006, più di 200.000 persone affollano Piazza S.Giovanni a Roma per celebrare i dieci anni di attività della band.

Durante l'estate, ogni singolo membro del gruppo approfitta del momento di pausa per concentrarsi sui propri progetti paralleli.

A novembre pubblicano "Terrestre live e varie altre disfunzioni", doppio album (live ed acustico) che raccoglie brani eseguiti durante il Terrestre Tour e omaggi ad altri artisti, tra cui Gigi Restagno, Max Romeo e Elliott Smith, dei quali registrano Coriandoli a Natale, I Chase the Devil e Angeles.
Quest'ultimo uscito come singolo nel maggio 2007 è accompagnato da un video d'animazione di Luca Lumaca.
Lo stesso giorno esce anche il dvd Be Human:Cronache Terrestri Tour 2005, un documentario realizzato da Luca Pastore incentrato sull'ultimo concerto del Terrestre Tour al Mazda Palace di Torino e sulla vita backstage dei Subsonica.

Nel frattempo il videoclip di "Incantevole" vince il Premio Videoclip dell'anno 2006 e la traccia strumentale "Cullati dalla tempesta" viene usata come sonorizzazione per un cortometraggio del regista Roberto Rossellini, presentato al Roma Film Festival.

Nell'ottobre dello stesso anno esce GE-2001, compilation pubblicata in allegato al quotidiano Il manifesto per raccogliere fondi per i processi seguiti ai fatti del G8 di Genova.
Vari gli artisti che partecipano all'iniziativa, tra questi anche i Subsonica con il brano "Come se".

Il 12 ottobre 2007 esce "La glaciazione", primo singolo del nuovo album di inediti dal titolo "L'eclissi" pubblicato il 23 novembre, in contemporanea con il concerto d'apertura a Jesolo del nuovo tour di 9 date, conclusosi a Torino il 12 dicembre.

Il 5 febbraio 2008 esce in anteprima sul sito www.subsonica.it il video del secondo singolo estratto dall'album "L'Eclissi": si tratta de "L'ultima risposta".

Ad aprile vincono la sesta edizione del premio Amnesty Italia 2008 con il brano "Canenero".
Il premio viene conferito da Amnesty International per premiare il migliore brano sui diritti umani pubblicato nell'anno precedente.

Il 24 maggio, ad 11 anni dall'uscita del primo album, suonano dal vivo in piazza Vittorio a Torino, dove tutto è incominciato.